Completouse a secuencia completa do xenoma humano dos dous cromosomas X e os autosomas da liña celular derivada de tecido feminino. Isto inclúe o 8 % da secuencia do xenoma que faltaba no borrador orixinal publicado en 2001.
O Consorcio Telomero-a-Telómero (T2T) revelou a secuencia completa do xenoma humano , que abrangue os 3.055 millóns de pares de bases. Isto representa a maior mellora no xenoma humano de referencia publicado en 2001 por Celera Genomics e o Consorcio Internacional de Secuenciación do Xenoma Humano . Esa secuencia do xenoma cubría a maioría das rexións eucromáticas, pero omitía as rexións de heterocromatina ou a representación errónea. Estas rexións constitúen o 8 % do xenoma humano que finalmente se revelou. A nova referencia 1 de T2T-CHM13 inclúe a secuencia completa dos 22 autosomas, ademais do cromosoma X. Esta nova secuencia de referencia tamén corrixiu numerosos erros e engadiu aproximadamente 200 millóns de pares de bases de novas secuencias que conteñen 2,226 copias de xenes, das cales se prevé que 115 codifican proteínas.
O xenoma de referencia actual GRCh38.p13 foi o resultado de dúas actualizacións importantes, unha en 2013 e a outra en 2019 na secuencia do xenoma de Celera de 2001. Non obstante, aínda tiña 151 millóns de pares de bases de secuencia descoñecida distribuídas por todo o xenoma , incluíndo rexións pericentroméricas e subteloméricas, duplicacións, matrices de ADN xénico e ribosómico (ADNr), todas elas necesarias para os procesos celulares fundamentais. A nova referencia foi denominada T2T-CHM13 xa que provén da secuenciación do ADN da liña celular CHM13 (Mole Hidatiforme Completa) e foi realizada polo consorcio T2T. A liña celular deriva dun óvulo fertilizado anormal ou dun crecemento excesivo de tecido da placenta no que a muller parece estar embarazada (embarazo falso), polo que a secuencia representa só os dous cromosomas X e os autosomas da muller. Utilizáronse múltiples tecnoloxías de secuenciación, como os secuenciadores PacBio, Oxford Nanopore, 100X e 70X Illumina, por citar algunhas. Os avances tecnolóxicos na secuenciación levaron á secuenciación do 8 % restante, como se mencionou anteriormente.
A única limitación da secuencia T2T-CHM13 é a falta de cromosoma Y. Esta secuenciación está actualmente en curso, utilizando o ADN da liña celular HG002, que ten un 46 (23 pares) cun cariotipo XY. Despois ensamblarase a secuencia utilizando os mesmos métodos desenvolvidos para o xenoma homocigoto CHM13.
A dispoñibilidade de T2T-CHM13 como novo xenoma de referencia representa un avance importante que axudará a comprender o papel das rexións de heterocromatina e os seus efectos nos procesos celulares con maior detalle. Ata que se complete a secuenciación do cromosoma Y, este servirá como xenoma de referencia para futuros estudos para comprender os procesos e funcións celulares.
***
References
- Nurk S, Koren S, Rhie A, Rautiainen M, Bzikadze AV, Mikheenko A et al. A secuencia completa de a humano xenoma bioRxiv 2021.05.26.445798; DOI: https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
***
